pmjТихоокеанский медицинский журналPacific Medical Journal1609-1175TGMU10.17238/PmJ1609-1175.2018.4.23-26pmj-276Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯORIGINAL RESEARCHESКластерный анализ популяций Salmonella Enteritidis, выделенных в различных регионах Сибири и Дальнего ВостокаCluster analysis of Salmonella Enteritidis populations isolated in various regions of Siberia and the Far EastРаковА. В.RakovA. V.alexeyrakov@mail.ruКузнецоваН. А.KuznetsovaN. A.noemail@neicon.ruСоловьеваА. С.SolovyevaA. S.noemail@neicon.ruЯковлевА. А.YakovlevA. A.noemail@neicon.ruНИИ эпидемиологии и микробиологии имени Г.П. СомоваРоссияSomov Institute of Epidemiology and MicrobiologyRussian FederationНИИ эпидемиологии и микробиологии имени Г.П. Сомова; Тихоокеанский государственный медицинский университетРоссияSomov Institute of Epidemiology and Microbiology; Pacific State Medical UniversityRussian Federation201828122018042326Copyright © Раков А.В., Кузнецова Н.А., Соловьева А.С., Яковлев А.А., 20182018Раков А.В., Кузнецова Н.А., Соловьева А.С., Яковлев А.А.Rakov A.V., Kuznetsova N.A., Solovyeva A.S., Yakovlev A.A.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.tmj-vgmu.ru/jour/article/view/276

Проведен кластерный анализ основных плазмидных типов Salmonella Enteritidis, циркулирующих на территории Сибири и Дальнего Востока, на основе плазмидных свойств исследуемых штаммов. Выявлены кластеры микроба, соответствующие плазмидным типам. Не обнаружено различий в штаммах, выделенных в западных и восточных регионах РФ, по спектру обнаруженных в них плазмид и отношению к антибиотикам. Показано значение исследования устойчивости к налидиксовой кислоте и канамицину как значимых эпидемиологических фенотипических маркеров для S. Enteritidis. Подтверждена эффективность применения плазмидного анализа как метода определения популяций возбудителя. При кластерном анализе данных, полученных с помощью других методов, например, пульс-электрофореза, мультилокусного сиквенс-типирования, количественного определения чувствительности к антибиотикам и других, будут получены более точные выводы о структуре популяции S. Enteritidis и ее изменчивости.

Objerctive. Salmonella infection is the most common intestinal infection in the world. The goal of this study was to study the population structure of Salmonella Enteritidis, isolated in the Far East and Siberia from various environmental sources, using modern methods of cluster analysis. Methods. 345 S. Enteritidis strains isolated from patients and from food in 1989-2018 were studied with sporadic and flare morbidity of the population belonging to the ten major plasmid types. For the classification multidimensional analysis of the results containing genetic (composition of plasmids in the strains) and phenotypic (antibiogram) data, the cluster analysis method was used. Results. To determine the number of clusters, an independent simulation was performed with their estimated number (from 2 to 15). The data of stratification analysis revealed 9 clearly distinguishable clusters with a large number of impurities from other clusters. The detected clusters were rather clearly defined by the corresponding plasmid types of the pathogen. Conclusions. No differences were found in the strains isolated in the western and eastern regions of the Russian Federation. The effectiveness of using plasmid analysis as a method for determining pathogen populations has been confirmed.

сальмонеллыплазмидный типкластерыSalmonellaplasmid typeclustersReferencesЕлиусизова А.Б., Шубин Ф.Н., Кузнецова Н.А., Бахолдина С.И. Чувствительность к фторхинолонам сальмонелл в Сибири и на Дальнем Востоке // Тихоокеанский мед. журн. 2010. № 4. С. 51-54Елиусизова А.Б., Шубин Ф.Н., Кузнецова Н.А., Бахолдина С.И. Чувствительность к фторхинолонам сальмонелл в Сибири и на Дальнем Востоке // Тихоокеанский мед. журн. 2010. № 4. С. 51-54Раков А.В. Молекулярная эпидемиология сальмонеллеза в Сибири и на Дальнем Востоке // Acta Biomedica Scientifica. 2007. Т. 53, № 1. С. 236-237Раков А.В. Молекулярная эпидемиология сальмонеллеза в Сибири и на Дальнем Востоке // Acta Biomedica Scientifica. 2007. Т. 53, № 1. С. 236-237Раков А.В., Шубин Ф.Н., Кузнецова Н.А. Гетерогенность плазмид молекулярной массой 1,4 МДа в штаммах Salmonella Enteritidis // Бюллетень СО РАМН. 2013. Т. 33, № 2. С. 10-15Раков А.В., Шубин Ф.Н., Кузнецова Н.А. Гетерогенность плазмид молекулярной массой 1,4 МДа в штаммах Salmonella Enteritidis // Бюллетень СО РАМН. 2013. Т. 33, № 2. С. 10-15Раков А.В., Шубин Ф.Н. Сравнительный геномный анализ плазмиды вирулентности Salmonella enterica подвид enterica серотип Enteritidis // Генетика. 2019 (в печати)Раков А.В., Шубин Ф.Н. Сравнительный геномный анализ плазмиды вирулентности Salmonella enterica подвид enterica серотип Enteritidis // Генетика. 2019 (в печати)Семина Н.А, Сидоренко С.В., Резван С.П. [и др.]. Определение чувствительности микроорганизмов к антибактериальным препаратам // Клин. микробиол. и антимикроб. химиотер. 2004. Т. 6. № 4. С. 306-359Семина Н.А, Сидоренко С.В., Резван С.П. [и др.]. Определение чувствительности микроорганизмов к антибактериальным препаратам // Клин. микробиол. и антимикроб. химиотер. 2004. Т. 6. № 4. С. 306-359Чекунина С.Н. Эпидемиологическая оценка факторов, детерминирующих эпидемический процесс гепатита Аишигеллезов (на модели Приморского края): автореф. дис. ... канд. мед. наук. Омск, 2017. 20 сЧекунина С.Н. Эпидемиологическая оценка факторов, детерминирующих эпидемический процесс гепатита Аишигеллезов (на модели Приморского края): автореф. дис. ... канд. мед. наук. Омск, 2017. 20 сШубин Ф.Н., Ковальчук Н.И., Кузнецова Н.А. [и др.]. Микробиологический мониторинг за Salmonella Enteritidis в Приморском крае. Фенотипическая и плазмидная характеристика возбудителя // Эпидемиология и инфекционные болезни. 2002. № 2. С. 36-40Шубин Ф.Н., Ковальчук Н.И., Кузнецова Н.А. [и др.]. Микробиологический мониторинг за Salmonella Enteritidis в Приморском крае. Фенотипическая и плазмидная характеристика возбудителя // Эпидемиология и инфекционные болезни. 2002. № 2. С. 36-40Шубин Ф.Н., Раков А.В., Кузнецова Н.А. Гетерогенность популяции Salmonella Enteritidis на предприятиях промышленного птицеводства и ее отражение в эпизоотическом процессе // Вестник Новосибирского государственного аграрного университета. 2013. Т. 27, № 2. С. 118-121Шубин Ф.Н., Раков А.В., Кузнецова Н.А. Гетерогенность популяции Salmonella Enteritidis на предприятиях промышленного птицеводства и ее отражение в эпизоотическом процессе // Вестник Новосибирского государственного аграрного университета. 2013. Т. 27, № 2. С. 118-121CDC. An Atlas of Salmonella in the United States, 1968-2011. 248 p. URL: https://www.cdc.gov/salmonella/pdf/salmonella-atlas-508c.pdf (дата обращения 25.09.2018).CDC. An Atlas of Salmonella in the United States, 1968-2011. 248 p. URL: https://www.cdc.gov/salmonella/pdf/salmonella-atlas-508c.pdf (дата обращения 25.09.2018).Earl D.A., von Holdt B.M. Structure Harvester: a website and program for visualizing Structure output and implementing the Evanno method // Conservation Genetics Resources. 2012. Vol. 4, No. 2. P. 359-361.Earl D.A., von Holdt B.M. Structure Harvester: a website and program for visualizing Structure output and implementing the Evanno method // Conservation Genetics Resources. 2012. Vol. 4, No. 2. P. 359-361.Graziani C., Losasso C., Luzzi I. [et al.]. Salmonella // Foodborne diseases: Third edition. Chapter 5. 2017. Cambridge: Academic Press. P. 133-169.Graziani C., Losasso C., Luzzi I. [et al.]. Salmonella // Foodborne diseases: Third edition. Chapter 5. 2017. Cambridge: Academic Press. P. 133-169.Havelaar A.H., Kirk M.D., Torgerson PR. [et al.]. World Health Organization Global Estimates and Regional Comparisons of the Burden of Foodborne Disease in 2010 // PLOS Medicine. 2015. Vol. 12, No. 12. P. e1001923.Havelaar A.H., Kirk M.D., Torgerson PR. [et al.]. World Health Organization Global Estimates and Regional Comparisons of the Burden of Foodborne Disease in 2010 // PLOS Medicine. 2015. Vol. 12, No. 12. P. e1001923.Paudyal N., Pan H., Li X. [et al.]. Antibiotic resistance in Salmonella Enteritidis isolates recovered from chicken, chicken breast, and humans through National Antimicrobial Resistance Monitoring System between 1996 and 2014 // Foodborne Pathogens and Disease. 2018. Published online 3 October. URL: https://doi.org/10.1089/fpd.2017.2402 (дата обращения 25.09.2018).Paudyal N., Pan H., Li X. [et al.]. Antibiotic resistance in Salmonella Enteritidis isolates recovered from chicken, chicken breast, and humans through National Antimicrobial Resistance Monitoring System between 1996 and 2014 // Foodborne Pathogens and Disease. 2018. Published online 3 October. URL: https://doi.org/10.1089/fpd.2017.2402 (дата обращения 25.09.2018).

The authors declare that there are no conflicts of interest present.