Промежуточные результаты оценки лекарственной устойчивости ВИЧ у пациентов, проживающих на территории Приморского края

Инфекция, вызванная вирусом иммунодефицита человека (ВИЧ), остается серьезным вызовом для систем здравоохранения во всем мире. По данным информационного бюллетеня ЮНЭЙДС 2024 года, общее число людей, живущих с ВИЧ, в 2023 году во всем мире составило 39,9 млн человек, при этом новых случаев за прошедший календарный год было выявлено 1,3 млн. Тот факт, что более 30 млн человек находятся на антиретровирусной терапии (АРТ), позволил сократить уровень смертности от связанных с синдромом приобретенного иммунодефицита заболеваний до 630 000 человек в 2023 году, в то время как в 2004 году это значение составляло 2,1 млн, а в 2010 году – 1,3 млн случаев [1]. Среди препаратов для АРТ выделяют несколько классов: нуклеозидные ингибиторы обратной транскриптазы (НИОТ, NRTI), ненуклеозидные ингибиторы обратной транскриптазы (ННИОТ, NNRTI), ингибиторы протеазы (ИП, PI), ингибиторы интегразы (ИИ, INSTI) и ингибиторы слияния. Различные типы препаратов влияют на разные механизмы развития ВИЧ-инфекции и позволяют достигать максимальной эффективности в контроле ВИЧ. Несмотря на это, наблюдается тенденция к росту числа случаев лекарственной устойчивости у ВИЧ, что связано с высокой скоростью репликации и мутаций вируса, а наравне с этим растет число людей, способных к передаче штаммов ВИЧ, резистентных к АРТ [2].

Всех людей, несущих резистентные штаммы ВИЧ, можно условно разделить на две категории: 1) пациенты, кто получал АРТ и у которых развилась резистентность по различным причинам, в частности при нарушении схемы АРТ или недостаточных дозировках; 2) те, кто изначально был инфицирован устойчивыми штаммами ВИЧ. Учитывая высокую скорость мутаций ВИЧ-1 – одна нуклеотидная замена за каждый цикл репликации, – через несколько недель после заражения появляются многочисленные варианты, родственные первоначальному штамму, послужившему причиной для инфекции. При наличии устойчивости к одному противовирусному препарату наблюдается снижение эффективности и других представителей данной группы АРТ [3].

Несмотря на влияние географического фактора на циркуляцию и распространенность схожих штаммов ВИЧ, характер эпидемиологической картины меняется и все больше приобретает картину пандемии. Согласно актуальным рекомендациям, определение лекарственной устойчивости проводится только в случае малоэффективной АРТ. Однако регистрируются гетерогенные штаммы ВИЧ, устойчивые к различным группам противовирусных препаратов [4].

Цель настоящего исследования состояла в характеристике лекарственной устойчивости и генетического разнообразия ВИЧ-1 у пациентов, проживающих на территории Приморского края в 2024 году.

Материалы и методы

Настоящее исследование основано на анализе результатов молекулярно-генетического исследования лекарственной устойчивости ВИЧ-1 к АРТ у пациентов с ВИЧ-инфекцией, находящихся на диспансерном наблюдении в Центре по профилактике и борьбе со СПИД и инфекционными заболеваниями ГБУЗ «Краевая клиническфя больница» № 2. В изучаемую когорту случайным образом включены пациенты, имеющие вирусологический и иммунологический неуспех терапии, и пациенты, не получавшие АРТ ранее («наивные»). Учитывая продолжающийся набор пациентов в исследование, на момент подготовки публикации были проанализированы данные 122 пациентов. Протокол исследования был одобрен на заседании междисциплинарного комитета по этике ФГБОУ ВО ТГМУ Минздрава России (протокол № 3 от 25.11.2024 г.).

При исследовании лекарственной устойчивости ВИЧ-1 для выделения нуклеиновых кислот, проведения реакции обратной транскрипции (ОТ), полимеразной цепной реакции (ПЦР), реакции циклического секвенирования использована тест-система «АмплиСенс HIV-Resist-Seq» (ФБУН «ЦНИИ Эпидемиологии» Роспотребнадзора, Россия) согласно инструкции производителя. Исследованию был подвергнут ген, кодирующий протеазу ВИЧ (1–99-й кодоны), и две трети гена, кодирующего обратную транскриптазу (1–270 кодоны), а также ген, кодирующий интегразу ВИЧ. Для проведения автоматического определения последовательностей методом капиллярного электрофореза использован генетический анализатор АВ 3500 (Applied Biosystems, США). Анализ полученных хроматограмм секвенсов проводился с использованием компьютерной программы «Sequencing Analysis» v 5.4. Для выявления и анализа мутаций лекарственной резистентности ВИЧ использована программа «SeqScape» v 2.7. Полученные консенсусные последовательности сравнивались с референсными с помощью базы данных Стэнфордского университета, находящейся в свободном доступе. Для определения субтипов ВИЧ дополнительно использовались программы «Comet HIV-1» и «REGA HIV-1 Subtyping Tool» v 3.0. Для изучения нуклеотидных последовательностей гена интегразы использовали российскую базу данных «Амплисенс: Resist», находящуюся в открытом доступе.

Статистическая обработка данных проводилась с использованием программы IBM SPSS Statistics методами описательной статистики. В ряде случаев применялись методы непараметрической статистики, описания отношения шансов и корреляционный анализ.

Результаты исследования

При определении генетического варианта ВИЧ в 44,3% случаев определен вариант A6, 28,7% – B; 8,2% – C. Среди рекомбинантных форм наиболее часто встречающимся являлся А6/CRF02_AG, который выявлен у 10 пациентов (8,2%). Общая картина распространения генетических вариантов ВИЧ-1 представлена на рисунке.

При оценке частоты выявления лекарственной резистентности обнаружены 8,2% случая резистентности (10 человек) к ингибиторам протеазы; 7,4% (9 человек) к нуклеозидным ингибиторам обратной транскриптазы; 18% (22 человека) к ненуклеозидным ингибиторам обратной транскриптазы. У 14 человек (11,4%) выявлена лекарственная устойчивость к ингибиторам интегразы, однако в 35,2% случаев результат не был установлен по причине отсутствия ПЦР-продукта.

Учитывая высокую долю случаев А6 и В генетических вариантов ВИЧ-1 у данных пациентов, был проведен анализ встречаемости различных вариантов лекарственной устойчивости в данных группах. Достоверных различий между распространенностью лекарственной устойчивости к ингибиторам протеазы и нуклеозидным ингибиторам обратной транскриптазы выявлено не было.

При сравнении встречаемости лекарственной устойчивости к ненуклеозидным ингибиторами обратной транскриптазы, вероятность ее наличия в 10 раз выше при генетическом варианте В, в сравнении с вариантом А6 (OR = 10,5). Схожая картина наблюдалась и в отношении ингибиторов интегразы – значительно чаще лекарственная устойчивость наблюдалась в группе пациентов с В генетическим вариантов ВИЧ-1 (OR = 38,1).

В 19,7% случаев в общей выборке пациентов была выявлена устойчивость к одной группе препаратов (24 человека), в 9% – к 2 (11 человек); в 2,5% (3 человека) – к 3 группам препаратов (табл.).

Обсуждение полученных данных

Оценка лекарственной устойчивости ВИЧ-1 в 2024 году различается с ранее полученными в регионе данными [5]. В сопоставимом по выборке исследовании, проведенном в период с 2013 по 2019 г., было установлено преобладание генетического варианта В (54,8%), А1 (22,6%), С (16,9%). На долю иных рекомбинантных вариантов пришлось 5,7% случаев. Данная тенденция демонстрирует выраженное изменение генетического ландшафта ВИЧ-инфекции в Приморском крае как за счет роста рекомбинантных неклассифицированных вариантов, так и изменения общей доли основных генетических субтипов ВИЧ-1. Подобные выводы были сделаны В.Е. Екушовым и соавт. [6], но в данном случае выборка в 36 человек не позволяла сделать достоверных заключений. О тенденциях к росту числа случаев рекомбинантных форм ВИЧ-1 на территории Приморского края говорят и результаты М.Р. Халикова и соавт. [7]. Среди 127 обследованных за период 2021 и 2023 годов ими было выявлено сравнимое распределение основных вариантов ВИЧ-1 (А6 –40,9%; В – 29,9%, С – 6,3%), однако количество иных рекомбинантов составило 22,9%.

В целом рост числа случаев А-субтипов ВИЧ-1 является общемировой тенденцией. Так, при оценке генетических вариантов ВИЧ 653 013 человек, живущих с ВИЧ-инфекцией из 122 стран за период 2010–2021, установлен рост субтипа А и С [8]. При этом рост числа случаев не-В субтипов ВИЧ-1 важен не только с позиции оценки эпидемиологического процесса, но и с позиции контроля ВИЧ-инфекции. Описано множество случаев различного терапевтического ответа на АРТ у пациентов с не-В субтипом ВИЧ, которые проявляются в ресупрессии вируса, несмотря на наличие мажорных мутаций, ассоциированных с лекарственной устойчивостью [9]. Подобные данные подтверждают необходимость углубленного изучения вопроса распространенности мутаций, ассоциированных с лекарственной устойчивостью, фенотипической картины заболевания и терапевтического эффекта АРТ у каждого отдельного пациента.

Нами установлено преобладание мутаций, ассоциированных с лекарственной устойчивостью к ННИОТ, у пациентов с В-генетическим вариантом ВИЧ-1. Однако по данным S. Lambert-Niclot и соавт. [10], именно не-В субтипы чаще имеют подобные мутации. Схожие различия результатов зафиксированы и в отношении ингибиторов интегразы, которые не обладают выраженным генетическим разнообразием, зависящим от субтипа ВИЧ [10].

Заключение

Полученные предварительные результаты оценки генетических вариантов и лекарственной устойчивости ВИЧ у пациентов, проживающих на территории Приморского края, за 2024 год демонстрируют тенденцию к росту рекомбинантных типов ВИЧ-1 в регионе, изменение общего генетического ландшафта субтипов ВИЧ, с наличием достоверных различий по ассоциации мутаций, ассоциированных с лекарственной устойчивостью к некоторым группам АРТ, с генетическим вариантом вируса. Углубленный анализ распространенности мутаций в популяции, оценка фенотипической картины инфекции, эпидемиологических характеристик и клинического ответа на АРТ является актуальным для региональной системы здравоохранения. Комплексный анализ генетического ландшафта ВИЧ на территории различных регионов и стран позволит охарактеризовать общие тенденции в эпидемиологии ВИЧ-инфекции, что может служить источником ценных данных для планирования стратегии применения антиретровирусной терапии в долгосрочной перспективе.