Кластерный анализ популяций Salmonella Enteritidis, выделенных в различных регионах Сибири и Дальнего Востока
https://doi.org/10.17238/PmJ1609-1175.2018.4.23-26
Аннотация
Проведен кластерный анализ основных плазмидных типов Salmonella Enteritidis, циркулирующих на территории Сибири и Дальнего Востока, на основе плазмидных свойств исследуемых штаммов. Выявлены кластеры микроба, соответствующие плазмидным типам. Не обнаружено различий в штаммах, выделенных в западных и восточных регионах РФ, по спектру обнаруженных в них плазмид и отношению к антибиотикам. Показано значение исследования устойчивости к налидиксовой кислоте и канамицину как значимых эпидемиологических фенотипических маркеров для S. Enteritidis. Подтверждена эффективность применения плазмидного анализа как метода определения популяций возбудителя. При кластерном анализе данных, полученных с помощью других методов, например, пульс-электрофореза, мультилокусного сиквенс-типирования, количественного определения чувствительности к антибиотикам и других, будут получены более точные выводы о структуре популяции S. Enteritidis и ее изменчивости.
Об авторах
А. В. Раков
НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Г.П. Сомова
Россия
Россия
Н. А. Кузнецова
НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Г.П. Сомова
Россия
Россия
А. С. Соловьева
НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Г.П. Сомова
Россия
Россия
А. А. Яковлев
НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Г.П. Сомова; Тихоокеанский государственный медицинский университет
Россия
Россия
Список литературы
1. Елиусизова А.Б., Шубин Ф.Н., Кузнецова Н.А., Бахолдина С.И. Чувствительность к фторхинолонам сальмонелл в Сибири и на Дальнем Востоке // Тихоокеанский мед. журн. 2010. № 4. С. 51-54
2. Раков А.В. Молекулярная эпидемиология сальмонеллеза в Сибири и на Дальнем Востоке // Acta Biomedica Scientifica. 2007. Т. 53, № 1. С. 236-237
3. Раков А.В., Шубин Ф.Н., Кузнецова Н.А. Гетерогенность плазмид молекулярной массой 1,4 МДа в штаммах Salmonella Enteritidis // Бюллетень СО РАМН. 2013. Т. 33, № 2. С. 10-15
4. Раков А.В., Шубин Ф.Н. Сравнительный геномный анализ плазмиды вирулентности Salmonella enterica подвид enterica серотип Enteritidis // Генетика. 2019 (в печати)
5. Семина Н.А, Сидоренко С.В., Резван С.П. [и др.]. Определение чувствительности микроорганизмов к антибактериальным препаратам // Клин. микробиол. и антимикроб. химиотер. 2004. Т. 6. № 4. С. 306-359
6. Чекунина С.Н. Эпидемиологическая оценка факторов, детерминирующих эпидемический процесс гепатита Аишигеллезов (на модели Приморского края): автореф. дис. ... канд. мед. наук. Омск, 2017. 20 с
7. Шубин Ф.Н., Ковальчук Н.И., Кузнецова Н.А. [и др.]. Микробиологический мониторинг за Salmonella Enteritidis в Приморском крае. Фенотипическая и плазмидная характеристика возбудителя // Эпидемиология и инфекционные болезни. 2002. № 2. С. 36-40
8. Шубин Ф.Н., Раков А.В., Кузнецова Н.А. Гетерогенность популяции Salmonella Enteritidis на предприятиях промышленного птицеводства и ее отражение в эпизоотическом процессе // Вестник Новосибирского государственного аграрного университета. 2013. Т. 27, № 2. С. 118-121
9. CDC. An Atlas of Salmonella in the United States, 1968-2011. 248 p. URL: https://www.cdc.gov/salmonella/pdf/salmonella-atlas-508c.pdf (дата обращения 25.09.2018).
10. Earl D.A., von Holdt B.M. Structure Harvester: a website and program for visualizing Structure output and implementing the Evanno method // Conservation Genetics Resources. 2012. Vol. 4, No. 2. P. 359-361.
11. Graziani C., Losasso C., Luzzi I. [et al.]. Salmonella // Foodborne diseases: Third edition. Chapter 5. 2017. Cambridge: Academic Press. P. 133-169.
12. Havelaar A.H., Kirk M.D., Torgerson PR. [et al.]. World Health Organization Global Estimates and Regional Comparisons of the Burden of Foodborne Disease in 2010 // PLOS Medicine. 2015. Vol. 12, No. 12. P. e1001923.
13. Paudyal N., Pan H., Li X. [et al.]. Antibiotic resistance in Salmonella Enteritidis isolates recovered from chicken, chicken breast, and humans through National Antimicrobial Resistance Monitoring System between 1996 and 2014 // Foodborne Pathogens and Disease. 2018. Published online 3 October. URL: https://doi.org/10.1089/fpd.2017.2402 (дата обращения 25.09.2018).
Рецензия
Для цитирования:
Раков А.В., Кузнецова Н.А., Соловьева А.С., Яковлев А.А. Кластерный анализ популяций Salmonella Enteritidis, выделенных в различных регионах Сибири и Дальнего Востока. Тихоокеанский медицинский журнал. 2018;(4):23-26. https://doi.org/10.17238/PmJ1609-1175.2018.4.23-26
For citation:
Rakov A.V., Kuznetsova N.A., Solovyeva A.S., Yakovlev A.A. Cluster analysis of Salmonella Enteritidis populations isolated in various regions of Siberia and the Far East. Pacific Medical Journal. 2018;(4):23-26. (In Russ.) https://doi.org/10.17238/PmJ1609-1175.2018.4.23-26
Просмотров: 301
Послать статью по эл. почте 